根据《中共中央、国务院关于分类推进事业单位改革的指导意见》（中发[2011]5号）精神，现就创新事业单位机构编制管理提出如下意见：
一、原则要求
坚持解放思想，改革和完善机构编制管理制度，推进管理科学化、规范化和法制化；坚持分类指导，根据不同类型事业单位的特点和运行规律，实行差别化管理；坚持精简、统一、效能，实行总量控制、动态调整，加强监督管理；坚持与经济社会发展相适应，科学配置机构编制，促进公益事业健康发展。
二、分类管理事业单位机构编制
改革机构编制管理办法，创新机构编制管理方式。从事公益服务事业单位细分后，对公益一类事业单位继续实行机构编制审批制，完善管理制度，简化审批程序，切实管住管好。对公益二类事业单位，在制定和完善相关编制标准的前提下，逐步实行机构编制备案制，建立并规范备案程序。可先在中央部门所属高等院校、公立医院进行备案制试点，并逐步扩大试点范围。加快制定相关事业单位人员编制标准，明确核定编制数额、编制结构以及领导职数的主要依据和指标体系。
三、逐步取消事业单位行政级别
按照政事分开、管办分离的要求，对面向社会提供公益服务的事业单位，积极探索管办分离的有效实现形式。落实事业单位法人自主权，保证其依法决策、独立自主开展活动并承担责任，充分发挥事业单位的积极性。
面向社会提供公益服务的事业单位，要逐步取消行政级别，新设立的一律不予明确行政级别，其领导班子和相关人员的管理及待遇，按照有关规定执行。
四、建立机构编制动态调整机制
实行总量控制，根据经济社会发展和人民群众公益服务需求，统筹研究、合理规划一定时期内本地区事业单位机构编制总量。实行动态调整，按照逐步实现基本公共服务均等化的要求和公益服务供求变化状况，调整事业单位类型和机构编制，做到有减有增。优化资源配置，按照科学布局、高效便民的要求，打破条块分割和行政区划界限，推进结构调整、资源共享，合理设置事业单位。面向社会提供公益服务的事业单位原则上由地方管理，中央保留少量承担全局性、战略性、示范性公益服务的事业单位。
五、完善事业单位登记管理制度
事业单位应当进行法人登记。指导事业单位制定章程并依法核准，加强对事业单位履行章程情况的监管。改革和完善事业单位年度报告制度，建立相关信息公开制度。按照方便事业单位和节约效能原则，推进网上登记管理。转为行政机构和企业的事业单位，核销事业编制后要及时办理事业单位法人注销登记。
六、加强事业单位机构编制监督管理
加强事业单位机构编制执行情况的评估，建立评估制度，规范评估程序，并将评估结果作为调整机构编制的参考依据。机构编制部门按照管理权限和规定程序，定期或不定期对事业单位机构编制执行情况进行监督检查，对违反机构编制纪律的依法依规进行处理。