一、机构编制管理机构的历史沿革（1949年—1955年）
有国家机关和国家行政管理，就有机构编制管理工作。从土地革命时期的根据地政权建设，到1934年中华苏维埃共和国临时中央政府成立，再到抗战时期的陕甘宁边区政府，革命战争年代中国共产党领导的根据地政府的职能、机构和人员编制等工作，都是围绕争取军事斗争的胜利进行的，包括著名的精兵简政运动。而专门负责机构编制工作的机构，则是在建国以后才出现的。
1956年以前，由于建国初期的特殊情况，我国编制管理实行中央“统一领导、统一管理”的体制，中央不仅决定全国编制工作的大政方针，而且具体安排地方各级人民政府、党派、人民团体的编制员额。机构编制管理的日常工作以人事部门为主，吸收内务部门（大行政区以下为民政部门）、财政部门、政法、财经、文教各委参加，并与行政区划协同工作。这一时期的机构编制管理机构设置的具体情况是：
1949年12月，政务院成立了政务院及其所属单位机构编制审查委员会，主任为政务委员章乃器，负责了解、审查政务院各行政部门以及直属企事业单位的机构和编制的初步审核事项。1950年3月，政务院第²²次政务会议决定，为争取财政收支平衡，节约行政开支，紧缩军政公教人员的编制，成立以中央人民政府委员、中财委副主任兼财政部长薄一波为主任的全国编制委员会，主要是负责管理全国地方编制，办事机构设在财政部。
1950年9月5日，中央人民政府委员会第九次会议决定成立人事部，政务院及其所属单位机构编制审查委员会的日常事务，即由人事部承担。1951年12月，政务院第114次政务会议决定，全国编制委员会的日常工作，也由财政部划归人事部承担，人事部二局（政法）设编制科。
1951年12月7日，政务院第114次政务会议通过的《中央人民政府政务院关于调整机构紧缩编制的决定（草案）》，规定省（市）以上均设立编制委员会，具体工作由人事部门办理。
1954年人事部撤销，成立国务院人事局，内设立编制一科（中央）、编制二科（地方），实有干部14名。全国编制委员会的工作由国务院秘书长习仲勋领导，统一管理中央和地方的国家机构编制，国务院人事局副局长金树望主管日常工作。
1954年12月，国务院决定成立国务院编制审查委员会，并在1955年1月更名为国务院编制工资委员会，由国务院副总理贺龙任主任，国务院秘书长习仲勋任副主任，负责管理中央和地方国家机关的行政、事业编制，制定国家机关工作人员的工资制度。在国务院人事局设办公室，作为其办事机构。办公室下设编制组、工资组、房管组、检查组。其中编制组以国务院人事局管理编制的人员为主，并抽调国务院各办公室1名处级以上干部组成，日常工作由国务院副秘书长曾一凡、国务院人事局局长章夷白、副局长金树望主持。1955年11月，国务院常务会议通过《国务院人事局组织简则》，规定国务院人事局不再承担机构编制工作，国务院编制工资委员会办公室直接由国务院领导，国务院设置专管机构编制工作的副秘书长职位。
1955年3月11日，《国务院关于成立省、自治区、直辖市编制委员会问题（电）》提出：“为了紧缩国家工作人员编制，国务院已成立编制工资委员会。省、自治区和直辖市亦应成立编制委员会，统一管理省、自治区和直辖市以下各级行政、事业和企业机关的编制工作。省、自治区和直辖市人民委员会编制委员会应以省（市）长或副省（市）长1人为主任，并选任各有关部门负责同志为委员，委员会下应建立适当的办事机构，有计划地进行工作”。
二、文革前的机构编制管理机构（1956年—1966年）
1956年，国务院决定，各项行政编制从¹957年起实行分级统一管理，各级行政机构的机构编制调整方案应分级统一进行规划。此后，编制管理体制从“集中统一”变为“统一领导、分级负责”的体制，基本上采取条块结合、以块为主的方式，实行中央和省（区、市）两级管理的体制，中央和省（区、市）均设置编制管理机构，具体情况如下：
1956年3月，国务院常务会议决定，中央、省（市）、县三级设立编制委员会。国务院编制委员会的办事机构依靠国务院人事局；地方也应该依靠当地人事部门进行日常工作。编制委员会的主要任务是：掌管行政编制；划分事业编制、企业编制、行政编制彼此之间的界限；对事业经费的编制问题，只是过问，发现问题提出意见。纯企业的编制主要是经济核算问题，因此由经济委员会和劳动部负责。
1956年9月，国务院常务会议决定，把国务院编制工资委员会改为国务院编制委员会，由国务院秘书长习仲勋领导，国务院副秘书长张策专管编制工作。编制委员会办公室与国务院人事局分开，迁至中南海北区办公。办公室日常工作由金树望、黄仁、胡明、白光涛负责，下设秘书组、农林文教组、工交组、政法财贸组、地方组（一度分设城市组），实有干部50多人。
1956年11月，国务院决定将各省、自治区、直辖市人民委员会工作部门的设立、增减或者合并的工作，由内务部移交国务院编制委员会统一管理。
1958年12月，国务院编制委员会和国务院人事局合署办公。办公室的日常工作由金树望、白光涛主持，国务院副秘书长曾一凡分管编制的工作。办公室下设中央组和地方组，实有干部20人左右。
1960年6月，中央成立中央国家机关精简小组，由国务院副总理兼秘书长习仲勋任组长，国务院编制委员会办公室作为其办事机构。
1962年2月，国务院编制委员会办公室拟订了各级国家机关的机构和人员的精简方案，经党中央、国务院批准下达执行。中共中央在这个文件的批示中指出：为了加强编制的管理，各省、市、自治区必须建立、健全编制委员会，加强领导，建立严格的审批制度。根据过去的经验，各级编制委员会不仅要管好行政编制，也要把事业编制管起来，以便统一管理、严格控制。今后各级国家机关及其所属事业单位增设机构、增加编制，必须经过编制委员会审核，专报党委和政府批准。同时中央决定成立国家机关编制小组，负责调查研究有关全国行政编制方面的问题，随时向中央反映情况，提出意见，处理这方面的日常事务。
1963年5月，二届全国人大常委会第97次会议批准周恩来总理提出的设立国家编制委员会，作为国务院直属机构的方案，列入国务院常设机构序列。周总理在议案提出，为了加强对全国编制工作的领导，决定将国务院编制委员会改称国家编制委员会，由国务院秘书长周荣鑫任主任，具体负责机构编制管理工作。下设办公室、中央处、地方处、事业处，编制45人。
三、“文革”时期的机构编制管理机构（1966年—1976年）
“文革”中，编制管理工作基本上处于中断状况。1970年6月，国家编制委员会被撤销，编制工作由国务院直接管理。1973年2月26日，周恩来总理指定殷承祯、吴庆彤、刘冰清三位同志组成小组，协助国务院审查各部委关于机构编制的请示报告，提出处理意见。1973年12月23日，李先念、纪登奎、华国锋、余秋里、谷牧同志批准扩大小组成员，并更名为机构编制审查小组，增加的成员有：谷牧、顾秀莲、韩宗正、邹家华、迟群。1975年9月，国务院办公室成立编制小组，具体承办编制管理工作的日常工作，调查研究反映情况。小组负责人为祁鸣。
四、改革开放以来的机构编制管理机构（1978年—2005年）
1978年10月，党中央、国务院批准国务院办公室党组10月6日（1978）室字28号《关于恢复国家编制委员会的建议》，国家编制委员会管理全国的行政编制，仍由国务院秘书长兼任主任（先后有金明、姬鹏飞、杜星垣），1名副秘书长分管（先后有吴庆彤、王伏林、宋一平），专职副主任金树望主持日常工作，祁鸣、胡明、周哲夫协助金树望工作。下设综合处、中央处、地方处。编制30人。
1982年5月，撤销国家编制委员会，与国家劳动总局、国家人事局、国务院科技干部局合并组成劳动人事部，内设编制局，下设办公室、中央处、地方处、事业处。编制30人。
1987年12月，为组织制订和实施国务院机构改革方案，中央决定成立国务院机构改革办公室。
1988年6月，国务院决定成立国家机构编制委员会，由总理兼任主任，办公室设在人事部，与国务院机构改革办公室一个机构、两块牌子。办公室的日常工作由人事部中央机构编制司和地方机构编制司承担。
1991年，为了加强中央对全国机构编制的领导，理顺各方面的关系，加强集中统一管理，严格控制机构编制膨胀，推进机构改革和行政管理体制改革，党中央、国务院决定成立中央机构编制委员会（以下简称中央编委），由总理兼任主任。中央编委是党中央的议事协调机构，在党中央、国务院领导下负责全国行政管理体制和机构改革以及机构编制工作，统一管理全国党政机关，人大、政协、法院、检察院机关，各民主党派、人民团体机关及事业单位的机构编制工作。中央机构编制委员会办公室（以下简称中央编办）是中央编委的常设办事机构，在中央编委领导下负责全国行政管理体制和机构改革以及机构编制的日常管理工作，既是党中央的机构，又是国务院的机构。
1994年，根据《中央编办职能配置、内设机构和人员编制方案》（厅字〔1994〕2号），中央编办设置综合司、一司、二司、三司、四司等5个内设机构和机关党委。
1998年，经中央编委批准，成立中央编办事业单位登记管理中心，为中央编办直属事业单位，承担《事业单位登记管理暂行条例》规定的事业单位登记管理职能，在登记管理活动中对外使用国家事业单位登记管理局的牌子和印章。2000年，根据《中央编办机构改革方案》（厅字〔2000〕30号）明确中央编办增加事业单位登记管理职能。
2004年4月，经民政部同意，成立了中国机构编制管理研究会，主要任务是研究行政管理体制改革和机构编制管理的理论和实践问题，为党和政府科学决策提供咨询服务的全国性的非营利的研究团体。中央编办为研究会的业务主管部门。
2004年12月，中央编委批准同意成立中央编办政策法规司，以加强机构编制规范化建设工作。2005年3月，为了进一步加强机构编制监督工作，中央编委批准同意设立中央编办机构编制监督检查司。
至2005年底，中央编办设置综合司、政策法规司、一司、二司、三司、四司、机构编制监督检查司等7个内设机构，设置机关党委（与人事司合署办公）。设置国家事业单位登记管理局、研究中心、机关服务中心3个事业单位。
附：党中央各部门、社会团体人员编制管理机构
党中央各部门和工、青、妇以及文学艺术团体的人员编制，1966年以前由杨尚昆同志负责，设有中共中央直属机关编制委员会，其办事机构放在中直机关党委，并将中央一级党群机关人员编制情况和数字告诉国家编委定期汇总上报。
文化大革命中，中直编委撤销，编制管理工作中断。“文革”结束后，恢复了中共中央直属机关编制管理机构，承办党中央各部门和工、青、妇等团体中央机构的人员编制审议、管理工作。1991年撤销、其工作由中央机构编制委员会承担。