（一）综合股。负责机关日常运转和综合协调工作。承担文电、会务、保密、机要、档案等工作。负责综合性文稿起草、公文核稿、内部督查、财务、后勤保障和固定资产管理等有关政务事务工作。负责协调推进机关规范化、制度化建设以及机构编制信息化建设工作。负责扶贫包联工作。负责机构编制业务培训工作。负责机构编制宣传和信息工作。负责机关及所属单位党建工作，承担机关及所属单位干部人事、离退休人员管理服务等工作。做好矛盾化解、信访和维稳工作。
（二）机构编制股。研究拟定全旗机构改革方案。审核全旗各部门“三定”规定并进行评估。负责全旗行政编制、政法专项编制、事业编制总额管理。负责全旗各部门的职能职责、内设机构、人员编制和领导职数的管理工作。研究拟定全旗机构改革总体意见。负责全旗综合行政执法改革。配合有关股室开展监督检查工作。
研究拟定全旗事业单位改革和机构编制管理创新等方案并牵头组织实施。拟定全旗事业单位机构编制管理办法。负责全旗事业编制总量管理。负责全旗各事业单位的职能职责、机构规格、内设机构、人员编制、领导职数及机构类别的管理工作。承担全旗事业单位改革工作。
负责组织协调各项改革工作。负责相对集中行政许可权改革工作。负责推进苏木乡镇（街道）机构改革和经济发达镇行政管理体制改革。组织起草机构编制管理政策规定。承担有关规范性文件的合法性审查和征求意见的回复工作。围绕机构编制重点工作开展调查研究，提出课题计划并组织实施。协调推进机构编制法治化建设。负责机关依法行政和法治宣传工作。
贯彻执行国家有关事业单位登记管理法规和政策，研究制定全旗事业单位登记管理实施办法并组织实施。依法维护核准（备案）的事业单位有关登记事项的合法权益。监督事业单位登记管理有关法规规章的执行情况，依法查处违法违规行为。组织实施全旗事业单位登记管理工作。负责全旗统一社会信用代码赋码发证工作。
（三）监督检查股。监督检查全旗各级行政机关、事业单位贯彻执行机构编制法律法规、政策规定情况。监督检查旗直各部门“三定”规定的执行情况和事业单位机构编制审批事项落实情况。负责全旗机构编制实名制管理和统计工作。负责全旗空编使用计划的审核备案工作。负责各级机关、事业单位域名注册管理工作。受理有关违反机构编制法规纪律的检举和投诉，负责“12310”举报受理及来信来访工作。负责开展机构编制违纪违规行为预防教育。